2000年，三校合并成立了上海应用技术学院。2001年，我校首次进行了实验室设置，2002年12月第一次调整，2004年根据我校“实验中心（室）设置管理办法”对实验室设置进行了重新规划和设置。2010年学校主体搬迁至奉贤校区后，为进一步加强教学实验室的建设和管理，理顺管理体制，适应学校的建设和发展，更好地满足一线工程师应用型创新人才培养的需要，学校开展了教学实验室设置审定确认工作。目前，全校共有1个国家级实验中心，2个市级实验教学示范中心，6个校级实验中心，15个院级实验中心，共计98个实验室。